دانشگاه میبد برای دانشجویان دختر و پسر که در فاصله‌ای بیشتر از شعاع ۱۰۰ کیلومتری دانشگاه سکونت داشته باشند، خوابگاه اختصاص می دهد، حتی دانشجویانی که ساکن شهرستانهای استان یزد با فاصله بیش از ۱۰۰ کیلومتر از دانشگاه هستند می‌توانند از این تسهیلات استفاده کنند.
دانشگاه دارای سه باب خوابگاه ویژه برادران به مساحت 3300 متر مربع و با ظرفیت 330 نفر و پنج باب خوابگاه نوساز ویژه خواهران به مساحت 5500 متر مربع و ظرفیت 550 نفر در محل سایت اصلی می باشد.
خوابگاه برادران در سه بلوک سه طبقه و به صورت متمرکز و خوابگاه خواهران در ده بلوک سه طبقه به صورت سوییت مجزا در هر طبقه از بلوک طراحی شده است. در هر یک از سوییت‌های خوابگاه خواهران، سه اتاق، یک هال یک آشپزخانه، دو سرویس بهداشتی و دو حمام تعبیه شده است.
دانشگاه میبد دارای دو زمین چمن مصنوعی است که به تازگی به بهره برداری رسیده است و یکی از آنها در محوطه خوابگاه برادران و دیگری در خوابگاه خواهران استقرار یافته است.
در هر یک از بلوکهای خوابگاه برادران یک سالن مطالعه و در مجموعه خوابگاههای خواهران یک سالن مطالعه بزرگ قرار گرفته است. ضمنا کتابخانه مرکزی دانشگاه در نزدیکی خوابگاه خواهران استقرار یافته است.
در حال حاضر دانشگاه ميبد، داراي خوابگاه متأهلين نمي باشد اما با توجه به تامين اعتبار، احداث اين خوابگاهها در حال انجام است.